決定論の悪を徹底的に糾弾した前回の準備作業を踏まえて、今回は最終的に創造論と進化論を和解させるための方案を冒頭の図を使って示す。ある対立が絶望的な矛盾と見えてしまう理由は、互いに両立不可能な絶対的誤謬を抱えているためであり、実際にはどちらにも真理部分はある。それがどちらも真理であるなら、それは必ず一段高い真理の裏表として両立可能であることが分かるはずである。

現代の宇宙論と進化論の最大の疑問は「なぜ宇宙と生命はこれほど合目的的なのか？全てが余りにもうまく出来過ぎているのではないか？」という「合目的性の起源問題」である。宇宙論においては、約２０個の物理定数が余りにも見事に微調整されており、それぞれの調整が１～数％でも狂えば我々は存在できなかったという「物理定数の微調整問題」が語られる

前回紹介した木村資生博士は、本来、ダーウィニズムの正しさを数学的に証明したいと願う強い想いから集団遺伝学を徹底的に研究したのである。その真摯な思索の果てに、これしか有り得ないと自信を持って完成した中立進化説は、彼が絶対的に信仰していた自然淘汰説を完全に否定するものであった。これは旧パラダイムに最も忠実に思索する者が、それを破壊する新パラダイムの創始者となるという最良の例である

現代人は、ヒトとチンパンジーが共通の先祖から約５００万年前に分岐したということをゲノム比較から知ることができる。ここで使われている「分子時計」という技術は中立進化説（中立説とも呼ぶ）の応用であるから、中立説は既に確立した真理として認められているのだ。しかるに、中立説の存在も、中立説が自然淘汰説を完全に否定したという事実も、一般に全く知られていない（というより意図的に隠蔽されている）。